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专利保护成本包括社会保护成本和个体保护成本，前者主要是指国家实施专利制度所付出的成本，后者是指个体为选择申请专利保护其发明创造所付出的成本。本文所讨论的专利保护成本仅限于个体保护成本。
(一)个体直接成本
个体专利保护成本可分为直接成本和机会成本。直接成本指个体为选择申请专利保护其发明创造而直接付出的各种成本的总和，包括：向国家专利局缴纳的申请费用、支付给专利代理人的代理费、专利权批准后维持专利权有效的年费、发现侵权的调查取证费、诉讼费、律师费等。
1．申请费用及手续费
按我国《专利法》及其实施细则规定，向专利局申请专利和办理其他手续，应当缴纳费用。依据有关收费标准的规定，以发明专利为例，申请人要向专利局缴纳申请费450元、专利申请维持费每年300元、审查费1200元、专利登记费205元，有的还要缴纳复审费600元、恢复权利请求费300元、著录事项变更费100元(有的项目为10元)、附加费数百元等。由此可见，申请一件发明专利，仅向专利局缴纳的各种申请费用和手续费可达3000元以上。
2．申请阶段的代理费
由于专利申请既涉及技术内容又必须严格符合法律的规定，故一般要通过受过专f-IN练的专利代理人来办理，因而必须向代理人支付一笔费用。目前，全国尚无统一的专利代理收费标准，通行的是各省、直辖市、自治区根据其经济发展水平自行规定。一般来讲，沿海地区的收费高，中西部地区收费较低。每件发明专利申请的代理费低的在一千元左右，高的达三五千元；若经过复审，代理费则在此基础上翻一番。
3．打印、交通、通讯等方面的费用
这类费用视不同情况，从数百元到上千元不等。
4．年费
为了利用经济手段促进专利权人实施专利技术，也使专利权人放弃某些价值不高的专利，同时补偿专利局的部分开支，各国专利法均规定，专利权人每年必须缴纳专利年费才能维持其专利权有效，而且年费是每隔几年(我国为3年)大幅度地递增(见图1)。按我国现行收费标准规定，在整个专利保护期间，一件发明专利应交专利年费共计五万余元，实用新型专利年费近8000元，外观设计专利年费近5000元。
5．发现侵权的调查取证费
权利主体为保护其专利权，必然要投入相应的人力、物力和财力去获取其专利权被侵犯的信息，这些投入总称为发现侵权的调查取证费。一般来讲，这方面的投入越大，发现侵权的可能性也越大。但这方面的投入达到一定值后，再增大这部分的投入并不能明显增加发现侵权的可能性。因此，为提高投入的经济效益，不应盲目增加发现侵权的调查取证费用的投入。
6．诉讼费用
在我国，专利侵权纠纷往往要通过专利行政管理机关或人民法院来解决。发明专利申请人对专利复审委员会的复审决定不服的，也要进入诉讼程序。因此，专利权人或发明专利申请人要交付(或预付)有关的费用，如案件受理费、调处费或诉讼费，有的还要交纳证据保全费、财产保全费等费用。
7．纠纷处理中的代理费用
在诉讼或调处阶段，专利代理人或律师的参与极为重要。为此，专利权人或专利申请人要支付一笔可观的代理费用。该笔费用的大小往往要根据诉讼的标的大小等情况而定。
(二)个体机会成本
个体机会成本是指个体将一定的时间、精力、资金等资源用于申请专利保护其发明创造时所放弃的其他收益总和。导致专利保护机会成本高的因素主要有两方面。
一是发明专利申请的审批周期太长。按我国《专利法》的规定，发明专利申请自申请日起满18个月即行公布，申请人自申请日起3年内应当向专利局提出实质审查请求。但是，当申请人提出实质审查请求后，由于种种原因，专利局往往在几年内都不能做出审查结论。多数发明专利申请的审批周期在四五年左右，有的达七八年甚至更长。由于发明专利申请在公布后授权前尚未取得有效的法律保护，该发明可被他人任意使用，从而挤占该发明专利申请人的市场，导致申请人的收益下降。另一方面，审批周期长，使专利申请能否批准长期处于未知状态，导致申请人进一步投入的风险增大，从而不愿进一步投资于技术开发和广告宣传等，因此可能错过商业良机。
二是专利侵权诉讼久拖不决。由于专利侵权案涉及复杂的技术和法律问题?致使缺乏技术知识背景的审判员对于是否构成专利侵权和侵权后赔偿多少等问题迟迟不能做出决定，往往要另外组织有关技术专家进行鉴定，从而延长了诉讼周期。同时，专利侵权案件往往伴随专利无效宣告程序而中止诉讼，因此又需花费1年甚至数年的时间。此外，地方保护主义、社会上不正之风对审判人员的影响等，也往往会延缓专利诉讼进程。这样，发明专利侵权案件往往经过3年还结不了案；如果考虑到上诉的情况，则5年内可能也难以有结果。由于诉讼周期长，专利权人不仅因此要增加直接开支，还要为此多花时间和精力，丧失其他获利机会；而侵权人则利用久拖不决的机会，进一步通过侵权获利，从而对专利权人的侵害也进一步扩大了。
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